Nebenwirkungen durch die Einnahme der Folio-Produkte sind äußerst selten zu erwarten. Es gibt aber einige Menschen, die empfindlich auf Folsäure reagieren. Dabei können allergische Hautausschläge, Magen-Darm-Beschwerden und Einschlafstörungen auftreten.
Eine unerwünschte Nebenwirkung gegenüber Jod kann sich in einer Schilddrüsenüberfunktion mit möglichen Symptomen wie Bluthochdruck, Nervosität, Schweißausbrüchen, Schlafstörungen oder Durchfall bemerkbar machen. Dazu müsste der Mineralstoff in exzessiver Weise (mehr als 500 Mikrogramm täglich) aufgenommen werden. Diese Gefahr besteht mit der empfohlenen Einnahme der Folio-Produkte nicht, da eine Tablette lediglich 150 Mikrogramm Jod enthält.
Vitamin B12 kann bei sehr empfindlichen Personen die Ausbildung einer Akne begünstigen. Allerdings ist dies wegen der geringen Dosierung von Vitamin B12 in den Folio-Produkten eher unwahrscheinlich.